1926年3月，何香凝先生躬亲主持开始筹备建校。其时财政当局疲于应付军费开支，无法全部提供建校经费。何香凝多方筹措，四处演说募款。由于廖仲恺在黄埔师生和工农群众中享有很高的威望，募捐活动成效显著。蒋介石暨黄埔军校师生捐助宿舍建筑费3万元，省港罢工委员会及广州各界群众共捐助5万余元，胡文虎、廖冰筠等汇回新加坡、马来西亚等地的华侨捐款大洋近1万元。加上国民政府拨给的大洋2万元，共筹得11.3万元，解决了学校的首期开办费。翌年3月26日，仲恺农工学校正式开学。1927年冬，学校筹委会公推何香凝担任校长。
何香凝校长十分关心学校的发展。为充实办学经费，1929年她赴欧洲游历途经东南亚时，特地在菲律宾、新加坡、吉隆坡等地举办画展，出售自己的画作及谭延闿等名人捐赠的书画作品，筹款10余万元汇回学校，资助学校扩建了蚕种冷藏库、实验室等校舍建筑，添置了一批图书、仪器、家具，学校的办学条件得到了很大改善。
1942年，年老多病的何香凝无法兼顾校务，决定辞去校长一职，但仍继续担任学校董事。何香凝先生辞去校长后，终其一生仍密切关心、爱护仲恺学校。建国后，何先生虽年逾古稀，仍两度回校视察。1955年春，她坐在轮椅上对师生演讲，讲述创办农工学校的经过、师生爱国事迹及将理论与实践相结合的传统，勉励大家学好理论、努力实践，为了国家富强、为发展祖国农业作出贡献。1962年3月26日，值学校举行35周年校庆之际，何先生再次回校视察，在校门外深情地凝视了校名和列队迎接的师生，因年事已高没有入校。
