1937年12月26日，文化名人郭沬若特意专程前来南海县西樵山下官山圩，为青年学生鼓劲。这一天，云瀛书院被挤得水泄不通，仲恺农工学校等三校师生和附近民众上千人聚集一起，听郭沬若题为《抗战必胜》的演讲。讲者慷慨激昂，听者群情激愤。高呼口号，掌声如雷。演讲之后，师生演出了抗日多幕剧《回春之曲》。郭沬若观看演出后，到后台为青年学生题词留念。其中，为仲恺学生的题词是“革命不忘读书，读书不忘革命”。
1938年10月21日，广州沦陷。距广州30余公里外的西樵山告急，在那里坚持办学一年多的仲恺农工学校不得不停办，师生还乡。生物学兼日语教师方继祥走避不及，仍蛰处官山圩。被入侵日寇侦查到他曾留学日本，母亲和妻子都是日本人，便威逼利诱他出任官山“维持会”会长。但方老师爱国情深，宁死也不被日寇利用，便夜深跳河身亡。
全面抗战爆发后，先后在上海、香港从事抗战的何香凝校长密切关注仲恺农工学校动向。她指示校方负责人创造条件复办，并于1938年12月在香港《学生杂志》发表《从战斗中学习》一文，旗帜鲜明地号召“爱国青年必须献身抗战事业”，“从战斗中学习”。激励了全国青年，更激励了仲恺农工学校师生。1939年8月，在代校长金曾澄和专任教员唐熙年、陈颂硕等策划下，在中山县南屏乡复办。借用祠堂一间，民居数间，以及用青竹和蔗叶搭棚，分别作为课室、办事处、宿舍等，时因停办一年期间，已有部分学生走上抗日前线或在敌后组织民众支前，所以聚集学生不足百人。
在中山复课后，以高级农艺科学生马立峰为首的10位同学，秘密组成一个叫“锋社”的抗日团体，常到绿野中秘密集会，传读进步书刊，讨论抗战形势，寻求御敌方法。
1940年春，日寇再次进犯广东。中山抗日烽火四起，校方顾及师生安全，不得不于当年2月临时迁往澳门，借教会办的一间“教忠中学”课室安排晚间上课。师生寄人篱下，流离失所，无限悲愤。
当时广州已建立日伪政权。当局为粉饰太平，企图诱使仲恺农工学校师生回广州原址复办。以汉奸汪精卫老婆陈璧君为首的一伙人进行游说，一位说客到香港何香凝住所，说道：“何校长，你总不能让仲恺学校到处飘泊吧，还是回广州好……”何香凝怒斥道：“是谁让仲恺学校流离失所？是谁让千千万万同胞到处流浪？是日本鬼！他们一天不滚出广州，仲恺学校誓不回去。你这个汉奸，给我滚！”
1940年7月，按照何香凝校长指示，仲恺农工学校毅然迁到粤北山区乐昌县西乡桂花村。流落澳门的师生以及在香港、韶关、南雄、始兴、英德、清远、广州、开平、台山等地新招农工子弟近200人，在山区里坚持办学3年9个月，度过抗日战争时期最艰苦的岁月。
桂花村距县城六七公里，四面环山，北临武江，虽山青水秀，但贫穷落后。师生在当地村民支持下，一齐动手砍杉、伐竹、采藤、割草、锯板，沿着山坡搭起校舍十多间，分别用作教务处、课室、实验室、图书馆、饭堂、宿舍等。开办高级蚕桑、农艺两科，三个年级分6个班上课。
乐昌办学初期实际负责人陈颂硕与专任教师陈鹿宾、黄作明、苏泽民、陈国栋等，都是早年日本帝国大学或早稻田大学毕业生。他们认识并敬重何香凝，全力贯彻何香凝提出的“从战斗中学习”、“注重实验”、“扶助农工”的办学思想，边宣传抗日边上课边劳动，还指导农民生产自救，多打粮食，支援抗日。
何香凝极其关心师生的教学和生活。1942年春，她长途跋涉赴广西桂林，经过曲江、韶关时，约见学校负责人陈颂硕和当时广东教育厅负责人，辞去校长职务，由陈颂硕任校长，并责成教育厅负责人一定要支持仲恺农工学校办学。据当年学生吴巨沛等回忆说：“政府每月无偿补助学生所需口粮，带有砂粒的陈年旧米每月15公斤。由学生自己到县城领取。虽然如此，但也能解决这些流亡学生最低生活的困难。”
1943年1月，学校奉当时省政府令，改称“广东省立仲恺高级农业职业学校”。同年秋，增设高级农村合作科，学生增至200多人。1944年夏，日军攻占了长沙、衡阳，粤北局势非常紧张。学校奉省政府令，迁校粤西新兴县。当师生长途跋涉至郁南县城时，新兴县已经沦陷。师生分避云浮县宁波乡西区中学及广西贺县等处。同年10月，在战火中流离奔波的仲恺学校师生又集中在罗定县松朗乡，借河边一座黄公祠为校舍复学。
罗定，是抗日名将蔡廷楷故乡，抗日气氛较浓。仲恺学校师生在那里坚持办学一年多，受到当地农民的热烈欢迎和大力支持。师生一边认真教和学，一边在附近乡村宣传抗日和推广先进的农艺技术，使当地的水稻、瓜菜、木薯等作物较大幅度增产。农民夸奖说：“仲恺的学生为我们多挣半年粮！”
1945年8月15日，中国人民经过8年浴血战斗，终于赢得抗日战争的胜利！
消息传到罗定松朗乡，仲恺学校师生欢天喜地，热泪盈眶。在烽火中坚持办学多么不容易啊！8年抗战，5次搬迁，在战时环境中培养有真才实学的毕业生276人，入学一年至三年就投身抗战的校友210多人，在校参加中国共产党的学生有陈启中等10多人，为抗日战争流血牺牲的校友2人，为国殉难的教师1人。以何香凝为校长的仲恺学校为抗日战争的胜利付出沉重的代价，作出了应有的贡献，写下了光辉的一页。
（三）何香凝为仲恺学校战后复办尽力
1938年10月下旬，广州沦陷后，仲恺农工学校被日军占作营房，在近300亩的校园里建了5个军事碉堡，其中3个面向珠江。由何香凝卖画筹建并苦心经营10年的仲恺校园被日军恣意破坏，糟蹋得不成样子。抗战胜利后，仲恺校园又变成关押日军战俘的集中营，由国民党新一军防守。因此，流落在罗定松朗乡办学的师生有校难归，心急如焚。校方派出教师章泽柱等人回广州为收复校园而奔走，毫无效果。
1945年10月，何香凝结束广西流亡抗战活动路过广州，赴香港进行民主运动，广州接收大员张发奎安排她住在当时广州最好最高的宾馆爱群大厦。仲恺学校章泽柱等人几经周折，找到何香凝提出诉求。时何香凝虽不再任校长，但仍为仲恺学校校董，所以马上答应帮忙收回校园复办。她找到张发奎说明原委，张发奎即派出军用吉普车，载着她与章老师等人赴学校原址视察。战后的仲恺校园“残存仅有礼堂、普通教室、特别教室、教职员及学生宿舍等五座颓垣破瓦、百孔千疮的建筑。其余校门、蚕室、丝厂、冷藏库、育种室、农场办事处、工人宿舍、畜舍、温室及附小校舍均荡然无存，令人触目神伤。”
何香凝察看仲恺校园后，对张发奎提出严正诉求，要求尽快收回校园复办仲恺学校。张发奎唯唯诺诺。同年12月，日俘遣散完毕，国民党新一军也退出校园。1946年1月，流落在罗定松朗乡的师生一百多人终于回到广州，在战后的废墟上复办仲恺高级农业职业学校。
